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Setúbal ist ein großer Industrie- Fähr- und Fischereihafen. Dennoch ist die Einfahrt schwierig und nicht unter allen Bedingungen (Schwell aus S-SW) sicher durchzuführen. Der Grund dafür sind die Sandbänke, die der Rio Sado beständig auf's Neue vor der Flußmündung und im Bereich des Fahrwassers aufbaut. Selbst wenn man sich an die Betonnung hält, kann man im Fahrwasser auf Tiefen < 2,0m treffen. Deshalb besteht auch Lotsenpflicht für die Großschiffahrt. Erschwerend kommen die starken Tidenströme hinzu. Bei auflaufendem Schwell und ablaufendem Wasser kommen Yachten schnell an ihre Grenzen und man sollte besser nach Alternativen suchen.
In Setúbal selbst gibt es keine Liegemöglichkeiten für Transityachten. Man sucht sich einen Ankerplatz, wo man in dem lebhaften Verkehr am wenigsten stört. Westlich des Fischereihafens (siehe Karte) war das im Juni 2014 problemlos möglich.